1. 目视观察法
根据临诊症状及流行情况进行初步诊断。外部症状一般略带红色，小鱼种在阳光或灯光透视下，可见皮下充血现象。将病鱼皮肤剥开，肌肉有的显示点状或斑状块充血，有的全身肌肉呈充血现象，鳃部贫血，出现“白鳃”，也可能出现鳃瓣呈斑状充血，但有的病鱼鳃部无此症状。内部器官的症状常见的是肠道充血，全肠或局部因充血而呈鲜红色，肠系膜和周围脂肪常伴有的点状充血，但肠道平滑肌一般仍完好，无腐烂或水肿等的情况出现。
上述所有症状，一尾鱼通常出现其中的两种或几种，检查时需要全面仔细地检查病鱼体外和体内各个组织器官。如果出血症状，或者有几种症状同时出现，可初步断定为草鱼出血病。
2. 注意草鱼出血病和细菌性肠炎病的区别
活检时草鱼出血病的肠壁弹性较好，肠腔内粘液较少，严重时肠腔内有大量红细胞及成片脱落的上皮细胞;而细菌性肠炎病的肠壁弹性较差，肠腔内粘液较多，严重时肠腔内有大量粘液和坏死脱落的上皮细胞，红细胞较少。
3. 注意草鱼出血病和细菌性败血症的区别
草鱼出血病主要危害草鱼、青鱼的鱼种;细菌性败血症则主要危害团头鲂、鲫、鲢、鳙等多种淡水鱼的鱼种和成鱼。
